Este tipo de filtración se encarga de atrapar las partículas de los desechos del acuario. Principalmente se realiza mediante el uso de esponjas con distintas granulometrías y el perlón (la filtración mecánica más fina que existe) que debe usarse después de las esponjas ya que retendrá los desechos más pequeños que se han ido degradando a través de las esponjas más grandes.